東門溪流域流經桃園市縱貫鐵路前後站的都市發展密集區，因為早期污染問題並在民眾要求下，在東門溪中下游河段大量加蓋，範圍自朝陽公園往上游至龜山工業區約1.7公里長，加蓋時間長達30多年，經桃園縣政府水務局對加蓋段進行縱走確認後，發現東門溪水流被雜物嚴重阻塞，甚至還發現廢棄沙發、棧板、樹枝（頭）等廢棄雜物。
縣府水務局表示，為有效提升東門溪河段的通洪能力，民國100年將全段暗渠列入整治重點河段，編列經費派工對全面加蓋段進行縱走確認後，並於102年編列相關預算，積極清除河道內廢棄物。
估計從鎮撫街（朝陽公園）至復興路箱涵段，計清除6600立方公尺的淤泥，以及12噸的廢棄垃圾雜物；復興路往上游至萬壽路段，估計清除700立方公尺的淤泥、5公噸廢棄垃圾雜物、200立方公尺體積高度1.5公尺高的廢棄混凝土塊，淤積物清除後，大幅提升東門溪箱涵段的防洪水準。
依水務局資料，東門溪第一期清淤工程已於103年3月完工，今年縣府將繼續往上游東門溪支流的西波渠、大灣溝和豐林排水等三條加蓋河段進行清淤作業。經過縣府對全面加蓋河段進行清淤作業後，將可有效因應目前極端氣候來臨的強驟降雨考驗。