一、示範區是面對國際，且只有部分開放
少數人士質疑示範區是要促成「兩岸經濟一體化」、絕非事實。實際上，示範區是面對國際，目標也是國際，而非僅是兩岸。示範產業中的「智慧物流」已有新加坡與日本企業詢問；「金融服務」有英國、香港與新加坡業者表達興趣。歐洲商會也對「教育創新」興致勃勃，想引進歐洲的一流學校培育臺灣優質人才；這些徵詢者中都沒有大陸業者。
另一方面，示範區是部分開放，而非全面開放。示範區考量社會對全面開放尚有疑慮，決定只先部分開放；目前僅是「六海一空加屏東農業生技園區」與「試點開放」，並非兩岸貨貿與服貿一步到位的全面開放。
二、俟服貿協議生效，示範區才會開放陸資投資服務業
少數人士質疑服貿未通過，示範區就開放陸資經營敏感性產業，亦非事實。政府再三重申，對於陸資投資示範區服務業，決不會在服貿通過前偷跑，必須等服貿協議生效後，才會開放陸資投資示範區服務業，且前提是不影響國家安全，政府亦訂有嚴格管理機制，並未放寬任何實質審查程序。
三、示範區輸入國外原物料免稅是自貿港區既有做法
少數人士質疑示範區主動對全世界片面實施零關稅，造成談判籌碼盡失，絕非事實。示範區是「境內關外」概念，提供原物料輸入免進口稅費，係為讓產品再行出口時免除稅務處理困擾；此係國際上的普遍做法，國內的加工出口區、自由貿易港區、科學園區等也是如此，並無談判籌碼喪失的疑慮。
四、示範區是提供「差異化」醫療服務
少數人士質疑示範區造成醫療商品化，絕非事實。示範區提供的醫療服務，是透過「差異化」提供多元醫療選擇，並非「商品化」。現行健保制度早已存在醫療差異化，如病房差額、自費醫材等，此種自費醫療即為醫療差異化。且由於健保制度依然存在，國人仍可使用健保就醫，而示範區之國際醫療機構則不可使用健保，不會影響國人就醫權益及就醫之可近性。
五、示範區是在創造稅基
少數人士質疑示範區租稅獎勵是瘋狂減稅、造成區內外不公之質疑，亦與事實不符。示範區提供的租稅獎勵措施，主要係因應國際租稅競爭，吸引更多商機，讓原本不會在臺灣發生的商業活動能夠產生；這些措施是在創造原先不存在的商業機會，擴大稅基，而非在現有的租稅基礎上減稅。
示範區也不會造成區內外租稅不公。國內企業如成為示範事業，進口國外原物料雖可免徵進口稅費，但若要從示範區內銷國內市場，均須依現行規定補徵進口稅費，並無任何租稅優惠。
最後，針對近期國內各界對於示範區的指教與鞭策，都是為了讓政策更為完善、週延，國發會均表感謝之意，也籲請國人在深入瞭解政策內涵後，全力支持本項重大經濟政策，促使臺灣經濟再次邁向高峰，讓全民共享經濟成長的豐碩成果。