雖然病歷等個資原則上不得蒐集，但仍有例外條款，包括：另有法律明文規定；公務機關執行法定職務或非公務機關履行法定義務；當事人自行公開；公務或學術機構基於醫療、衛生或犯罪預防目的進行統計或學術研究；為協助公務機關執行法定職務或非公務機關履行法定義務；當事人書面同意。
民進黨立委尤美女舉例說，三月二十四日學運學生闖入行政院，後續警方為偵查，發文鄰近醫院調閱凌晨零時到三時所有病歷資料，若照初審版本，警方行徑完全合乎「公務機關執行法定職務」，醫院雖礙於「醫療法」不敢提供，但若有醫院提供，倒楣的是醫院，警方卻沒法律責任。
尤美女說，警方遭醫院拒絕後，轉而跟消防署索取病患資料，一一九不受醫療法規範，依初審後個資法並無違法。因此尤主張，特種個資之使用仍應以當事人書面同意為前提，再加上其他條款才能構成蒐集、處理、利用個資之條件。
警政署表示，病歷等特種個資，有時在刑案偵辦上確實有其需要，因許多當事人根本行蹤不明，何況涉案當事人誰會同意自己資料被蒐集，難道還要承辦警員向當事人拜託嗎？
法務部︰實務上窒礙難行
對此，法務部次長陳明堂表示，若全部要求當事人書面同意，將在實務上窒礙難行，例如有犯罪前科紀錄者，誰會同意被蒐集利用？他認為，個資法雖須從嚴規定，但不要嚴到動彈不得。