施工單位：會盡力改善
環保稽查大隊長王大鈞表示，去年陸續接獲通報，已針對污染水質開罰兩次，共二十萬元罰鍰，另針對空氣污染開罰一次、丟棄廢棄物開罰兩次；中華工程工地負責人楊志遠說，去年九月及十月適逢颱風，滯洪池泥水外溢造成溪水污濁，當時已立即處理堰口的淤沙，但池內有原生魚類等物種，怕影響生態未進行清理，另在上游增設沙包及四、五個沉積池，減緩水流及改善淤積問題，他坦言，要完全解決淤沙問題「有困難」，但會盡力改善。
居民李明哲說，國家生技園區前身為二○二兵工廠火工區，土地可能早受火藥污染，周圍還有整建工程的廢棄物及土方，若颱風一來，未經處理的粉塵和泥土都會沖刷至四分溪，恐嚴重影響生態；不少居民也擔憂動工後的廢水排放問題。
中研院專委吳政上表示，取得建照後，會先增闢臨時防洪池，以防淤泥滿出影響溪水，實驗廢水及污水也都會經過處理、透過污水下水道排放，不會影響四分溪溪水。