台灣高等教育產業工會批評現行的「自由經濟示範區推動教育創新」計畫要讓國內大學透過和國外大學合作，在全台灣推行比照國外大學收費、學費完全不受限的專班或大學，並規劃鬆綁相關公共監理、勞動保障法令等規範，此例一開，未來台灣教育必定更加階層化、私有化，將是新一波的教育災難。
民間團體認為，去除管制未必會帶來國際教育交流；另外，許多學校規劃以自經區名義和外國大學合作，也勢必要投入人力、物力及學校資產推動，恐怕將影響到既有學生的權益。
對此，教育部長蔣偉寧回應表示，教育創新納入自由經濟示範區的目的是希望藉由國際知名學校到台灣、與國內大學合作，讓台灣在推動教育拔尖與追求卓越方面有更好的成效；另一方面，也希望讓台灣優質高等教育被國際看見，他希望各界能支持。蔣偉寧說：『(原音)我相信透過這樣子的合作，這是一個追求卓越，讓大家看到台灣高等教育的作為，我希望大家能支持。』
蔣偉寧說，全球每年有500萬名留學生，他們都非常有企圖心，當各國都在積極爭取這些人才時，台灣絕對不能落後，必須更努力才行。