相關團體已多次批評示範區條例，和教育部大打筆戰。全國教師工會總聯合會、台灣高等教育產業工會、反教育商品化聯盟等教育團體，今天上午又聯合召開記者會，主張捍衛教育的公共性，認為示範區草案中的「教育創新」，觸及鬆綁學費、勞動保障、公共監理、校園民主等規定，將使台灣高等教育走向階層化。
教育團體認為，示範區教育創新是以國際化之名，行教育私有化之實，將教育當作商品。縱使真能吸引來外國大學來台設校，也只是找來把教育當成一門生意的外國學店。
對此，教育部已多次聲明，示範區教育創新，是賦予國內外大學合作辦學的彈性，教育部將針對雙方共管機制、設立條件、招生、教職員進用等，逐一訂定授權子法和配套措施，將持續與各界溝通。
以校園民主的疑慮為例，教育部指出外國大學來台設分校，應尊重該校既有的辦學傳統和校園民主機制，給予運作彈性。