南投縣政府調查，清境農場境內有一○九家民宿，僅五家完全合法，其餘民宿皆有部分違章建築，為輔導業者合法，規劃訂定「清境風景區特定計畫」，預計將部分區域改為風景區，若計畫通過，可讓合法家數提升為四十一家，其他六十八家則須將民宿建築做部分拆除。
環團痛批不取締違建 想就地合法
環保團體痛批，南投縣不先取締不法違建及違法廢水排放，卻要用新清境風景特定區來「就地合法」。台南市社區大學研究發展學會研究員吳仁邦要求，應將佔用國有地、位於飲用水保護區及土石流潛勢區、興建於坡度四十度以上的違建，都先拆除。
有環評委員指，南投縣提出的風景特定區報告，未納入三月底內政部新公布的地滑、山崩地帶等地質敏感區。副署長葉欣誠立刻決議，將此政策環評退回。
南投縣政府建設處長曾仁隆表示，政策環評資料三月七日就送達環保署，地調所在三月底才公告清境地區地質敏感區，因此未能將該圖套疊進去，會請顧問公司展開套繪工作，完成後再重新送件。
曾仁隆說，若依該計畫規劃，現有民宿的樓地板面積約會拆除三十五％，何來就地合法？依法地質敏感區並非不能建築，未來業者必須請專業技師進行地質鑽探和安全評估，送審查通過，才能申請補照。