馬英九總統與民進黨主席蘇貞昌25日會面談論核四議題時，台股大盤重挫171點，跌幅達1.91%，表現較其他亞洲股市差；28日一開盤，又在核四停工的衝擊下，盤初大跌百點，直到行政院長江宜樺出面舉行記者會，強調「停工非停建」，台股才止跌，並穩步向上，指數這兩天已經站穩8800點之上。
在30日的立法院財政委員會，核四停工對資本市場的衝擊成為立委關注的焦點。金管會主委曾銘宗表示，行政院已經正式宣布核四一號機安檢後封存、二號機停工，股市的不確定因素已暫時消除，台股走勢應該會是短空長多。曾銘宗說：『(原音)不確定性會是風險，如果能夠儘快消除不確定性，對股市和資本市場的衝擊就會小。(國民黨立委賴士葆：所以現在來看，可不可以講現在是利空出盡？)我認為是階段性，現在初步假設我們是停工，是現階段的不確定性暫時消除。』
外界質疑若核四停工，台電預估將虧損新台幣3,000億，會讓借款給台電的銀行增加成本。金管會主委曾銘宗則表示，台電是100%國營事業，信用由政府支撐，銀行不會對台電抽資金。