慈湖有慈堤與海域隔離，但海水會由閘門進出，常有成群釣客在慈湖岸邊垂釣，這是國家公園法規允許，但不能以網具捕慈湖內的魚貝類。國家公園管理處每年僱工在水域中搜出頗多網具，救出誤入網具的魚蟹。
金管處表示，金門西北角的慈湖特別景觀區原是一處海灣，因戰略需要築堤成湖，屬於半封閉鹹水域，生產力高，適合水產生物生長，為群集湖畔林區的鳥類及冬候鳥鸕鶿提供豐富的食物資源，是金門國家級重要濕地及鳥類群集的重要棲息地。
金管處表示，每年1萬多隻鸕鶿到慈湖邊的林區渡冬，為金門打響賞鳥天堂、生態保育島的美名，並成為生態觀光資源。
金管處籲請民眾，不可在水中佈設網具捕捉水產動物，以免妨礙鳥類的正常活動，否則會破壞食物鏈的競爭，進而改變生態環境。希望共同關心及維護金門生態環境，豐富慈湖的生態資源，成為鳥類及水生物良好的棲息環境。