金門「水頭客運中心」基地位在水頭港區緊鄰南碼頭岸肩後側，基地面積5.2公頃，主體空間有國內線入境、金廈泉小三通航線入出境、港務、商業、服務、設備機房、行政辦公等空間。客運中心總工程費新台幣18.74億元，以年通關旅客量達500萬人次為目標。
金門水頭商港旅客服務中心大樓及金廈泉小三通專用碼頭民國94年11月7日啟用，便利金廈泉小三通的兩岸民眾出入境。
配合入出境旅客增加及水頭港擴建完成，縣府推動「水頭客運中心」興建計畫，國際競圖有美、法、日、俄、澳洲、西班牙、台灣等95家業者競標，評審委員會今年元月評審出5件概念可行的設計團隊，4月25日決選，日本建築師石上純也勝出。
縣府工務處表示，「水頭客運中心」將成為與中國大陸往來門戶象徵，更會是金門最耀眼的港運中心。將與日本建築師團隊商議建造規劃設計、監造費用、合約條文後簽訂，完成規劃設計後發包施工。規劃設計時程、施工期程將在議約中談定。
金門水頭港已完成港池浚挖及陸域填築擴建，水頭客運中心工程預計106年完工，107年開始試營運。