根據經濟部資料顯示，核四廠二部機組預計於民國104、107年商轉發電，若停建核四，必須以燃煤、燃氣發電替代，售電成本因反映燃料成本勢將大幅增加。
預估107年電價(以售電成本表示)將較102年10月調整後的電價(3.15元/度)上漲約13%到15%；另既有核電廠於114年以前陸續屆齡停役後，估計115年電價(以售電成本表示)將較前述電價(3.15元/度)上漲34%到42%。
除電價走揚外，對股市的衝擊更不能輕忽。回顧民國89年，當時行政院片面宣布停建核四，股市三個月內下跌1818點，跌幅28.2%，股票總市值減少新台幣1.25兆元，並引發朝野紛爭及政局不安。
停工110天後復工又造成契約糾紛、工期延宕、預算追加、鉅額損失及品質安全疑慮等後遺症。
核四停工復工，如僅計算復工後增加經費及使用燃氣發電替代成本，直接損失已高達1870億元，尚未包含國家信譽傷害、影響投資意願等間接損失，可見核四停建決策草率不當所造成的鉅額代價，最後都是由全民共同承受。
另外，核四不運轉，缺電風險增加。台灣屬於島嶼型獨立電力系統，電力供應吃緊時無法由國外支援，因此電力的備用容量率參酌國際經驗規劃為15％。比較同為獨立電網的韓國，台灣備用容量率與其相當，但與日本相比則台灣偏低。
根據經濟部資料顯示，若核四廠無法順利商轉發電，預估自107年以後，備用容量率將有多年低於10％以下，甚至有不足5％的情形。
就台灣過去經驗統計，當備用容量率低於10％時，就可能有缺電風險；低於7.4%時，則限電幾乎無法避免。
例如民國79到85年間，台灣電力備用容量率皆在7％以下(79年為7.4％)，總計限電次數高達43次，其中83年更高達16次，對產業及民生都造成相當大的衝擊。