九孔養殖在台灣已有30餘年歷史，年產量曾高達2497公噸，產值達新台幣20億元。但自民國91年起，陸續發生幼苗大量落板死亡現象及養殖九孔大量死亡，重傷九孔繁養殖產業。
經水試所多年現場調查發現，九孔幼苗因畸形率高而導致高的死亡率及早熟現象，皆是近親繁殖的結果。
水試所養殖組副研究員曾福生表示，水試所利用分子標誌證實養殖族群的遺傳變異及基因歧異度，遠低於野生九孔族群，而幼苗落板大量死亡與基因歧異度低有顯著關係。
曾福生指出，透過所建立的九孔分子標誌生物技術，輔導進駐水試所育成中心的九孔養殖業者，利用雜交方法，讓養殖貝與台灣、日本的野生貝進行系統雜交，生產一批雜交子代幼苗。
值得注意的是，後續在新北市東北角海底池養殖結果，經歷颱風及東北季風侵襲，並未發生大量死亡情形，且間捕採收作業時，九孔也能耐受採收壓力繼續成長，每個池子可間捕收成3次，產量大幅增加。
其中，單位面積產量達前3年的3倍以上，且雜交子代的九孔還具有耐低溫的特性，從原先僅能採收到當年10月，延長至隔年3月。
由於這次主要輔導水試所育成中心的養殖業者的養殖貝，進行系統雜交，至於如果其他業者提出需求，曾福生指出，同樣也會提供協助，但需要花約3年的時間進行三代雜交。
他說，過去曾有業者等不及，反而想要花錢直接買，「但你錢給我，我沒有貝也沒有用，它（系統雜交）需要時間」，且需根據養殖場的環境進行設計。