公路總局說，石虎其主要是在苗栗後龍鎮出現頻率最高，其次是西湖鄉、銅鑼鄉，規劃中的三義外環道也位在鄰近範圍內。
為避免破壞石虎棲地，公路總局曾召開多次會議，並邀集專家、學者及相關機關，共同研商石虎保育對策，希望能將影響降至最低。
公路總局說，曾考慮將部分路塹路段調整為假隧道型式，上方覆土供石虎通行，設置2處箱涵作為動物通行廊道。
公路總局也考慮，為減輕石虎棲地切割影響，將進行棲地補償，擬定施工期間停工機制，營運期間進行生態廊道及位置選擇對石虎影響研究計畫。
不過，因環境保護署目前召開的環評會議，針對台13線三義外環道環境影響差異分析報告暨環境現況差異分析及對策檢討報告，決議補正再審。
公路總局表示，將依環評委員、專家學者、相關機關、民眾及專案小組審查意見，加強對石虎等保育類動物及棲息地進行更深入的調查研究，作為台13線計畫推動規劃設計參考，希望提出生態保育與工程開發兼籌並顧的方案，讓交通問題能解決、地方也能發展，還達到生物保育目的。
不過，公路總局也擔心，有學者質疑，生物廊道的想法無科學數據，無法斷定生態廊道對石虎的生存一定有幫助。