行政院長江宜樺表示，104年度中央政府總預算案的籌編工作即將開始，由於本計畫與民生密切相關，請經濟部、農委會及內政部等相關部會，會同主計總處積極與立法院各黨團溝通協調，以早日完成立法程序，並請相關部會預先辦理流域綜合治理計畫各項前置作業，以利本計畫完成立法程序後可立即執行，並於明（104）年底前達到執行率9成的目標。
主計總處表示，中央政府依據流域綜合治理特別條例第5條規定，支應改善適用範圍內流域綜合治理計畫所需經費上限為新臺幣660億元，以特別預算方式編列，得分期辦理預算籌編及審議，所需經費來源，得以舉借債務支應。
主計總處指出，本案歲出部分計編列126.69億元，103年度及104年度分配數為33.37億元、93.32億元，包括持續辦理策略97.535億元、創新作為策略25.415億元及加強管理策略3.74億元。