行政院農業委員會表示，因園區設立初期為增加招商誘因，規定2007年以前免土地租金，最長5年，但目前園區招商運作已步入正軌，刪除租金優惠規定。行政院會通過修正草案後，將送立法院審議。
為強化園區土地利用及符合實際業務需要，草案增訂租用土地興建建築物時，在積欠租金逾4個月租額時，不受民法及土地法積欠2年以上才能終止租約收回租地的限制。
現行規定園區事業營運計畫實施期限最長6年，但考量農業相關產品取得產品准證至少2到5年，廠商6年內完成營運計畫有實質上困難，因此，草案規定，園區事業應自核准進駐之日起，在規定的期限內完成營運計畫的實施。
草案也規定，有關實施營運計畫的期限、核准延期等管理事項，由主管機關訂定。