根據立法院公報記載，民國91年10月31日，立法院第5屆第2會期內政及民族委員會併案審查台灣地區與大陸地區人民關係條例會議紀錄，由時任行政院大陸委員會副主任委員的劉德勳說明行政院版修正草案。
劉德勳在會中表示，（台灣地區與大陸地區人民關係條例第5條）第1項是規定負責談判者回來後，與行政院及委託機關間如何做相關報告和完成相關手續；第2項則是規定該協議經主管機關同意後，如何完成後續流程。這方面須就內容有所區隔。
劉德勳說，凡是涉及法律部分，協議機關應在協議簽署後30日內報請行政院核轉立法院審議，接下來就是依立法院相關審查機制審議；至於不涉及法律部分，則依一般法規流程，由協議機關在協議簽署後30日內，報請行政院核定。
當時擔任會議主席的中國國民黨籍立法委員陳學聖表示，第5條第2項是就未涉及修法部分做規範，他記得在審查台港航約時，曾要求提供台港航約簽署內容，但依現行規定，因其未涉及法律條文，立法院無法得知內容如何，如此會使立法院失去某些監督權。
陳學聖說，主張將第2項修正為：「其內容未涉及法律之修正或無須另以法律定之者，協議辦理機關應於協議簽署後30日內報請行政院核定並送立法院備查。」這樣規定既不影響效力，但可讓立委有主動知道之權，並詢問陸委會意見。
蔡英文表示，陸委會可以同意此一文字修正，但應再加上「必要時，以機密方式處理」的規定。
陳學聖說，第5條第2項最後增加「並送立法院備查，必要時，以機密方式處理。」等字，經詢問在場立委後，無異議修正通過。