針對立法院長王金平黨籍訴訟案，國民黨日前提出上訴，黨內對此持不同看法，外界也相當關注身兼國民黨主席的馬英九總統與王金平的互動關係。
馬英九15日晚間在黨團大會中向全體立委表示，法院對於個案的判決會產生通案的效果，為了維繫黨的制度與運作，國民黨經研議後，決定採取律師團的意見，提出上訴，這是不得不的決定，並非針對王金平個人。
不過，馬英九也強調，未來會與王金平在政務上繼續合作，不會讓國政發展受到影響，也希望能夠維護黨的團結一致。他說：『(原音)在這裡我要特別聲明，未來我會跟王院長繼續在推動政務上合作，在許多重大政策上，我也會適時地跟王院長交換意見，不會讓我們國政的運作受到影響。我也希望藉這個機會希望大家能夠就這個案件了解實際的情況，繼續維護我們黨的團結、黨的一致，在這裡我要很誠懇的拜託大家。』
馬英九在會中也再次說明黨提出上訴的理由，主要是因為政黨並非人民團體，若依法院判決要求，黨紀處分必須要有黨員代表大會出席人數過半、且超過三分之二同意，這對政黨來說根本不可能。且若溯及既往，過去的黨籍處分案，其合法性與正當性都會受到質疑，影響重大。
馬英九並指出，年底「七合一」選舉將屆，若出現違紀參選的情況，將會受到判決影響導致無法有效地以黨紀處理，這並非大家所樂見。