馬英九的最大憂慮，並非來自民進黨挑戰，而是擔心黨內出現失控的接班勢力，尤其是黨內實力派王金平、朱立倫、連家一旦趁勢形成反馬結盟，後果將不堪設想。3.18學運爆發初期，馬一度處於弱勢，尤其在3月21日王拒絕出席馬召開的院際協調會議之後，連勝文和朱立倫也相繼發表肯定學生運動的言論，更讓馬心驚膽顫。例如連在3月27日表示「這些年輕人不是因為政治動機，而是對社會現狀不滿，而且傳統思維沒辦法說服他們」，朱也在3月28日臉書肯定這場學運「翻轉台灣社會一味追求最大經濟利益的主流意見，這已經是學生運動非常了不起的成就」。這些試圖與馬保持距離的切割動作，馬都看在眼底，只是暫時受困於學運壓力，不得不秋後算賬而已。
馬王政爭難解，導致馬連和解破局
原本在2月24日連勝文宣佈參選台北市長之前，連家已經改採尊馬策略：先是2月6日連勝文遠赴美國會見金溥聰，然後是2月20日馬在國民黨中常會大力肯定連戰參加連習會，各界都以為累積多年的馬連矛盾，已經和解冰釋。
延續馬連和解的樂觀氣氛，2月27日，連戰邀請來台訪問的大陸海協會會長陳德銘茶敘，同桌還有立法院長王金平、國民黨三位副主席曾永權+林豐正+蔣孝嚴、經濟部長張家祝、央行總裁彭淮南等人，陣仗相當可觀。連戰談到服貿協議卡關一事，特別指向王金平，表示自己在2月18日訪問大陸之前，曾向王金平請教服貿協議「到底什麼時候通過」？還故作神秘表示「王院長給了我一個很好的答案，但現在不便公佈」。此話一出，全場大笑，顯然當時國民黨高層對於服貿能夠順利通過，保持相當樂觀態度。3月11日，馬出席台北市美國商會晚宴，也信心喊話表示「希望服貿能在6月過關」。
豈料3月18日突然爆發學生佔領立法院事件，學生在極短時間順利攻佔立法院，王金平拒絕動用警察權，導致學生得以鞏固佔領。緊接著，3月19日王被撤銷黨籍案一審勝訴，3月21日檢察總長黃世銘一審被判「洩密有罪」被迫辭職，馬王政爭最後確定以馬慘敗收場。王乘勝追擊，3月21日拒絕出席馬召開的院際協調會議，使馬陷入執政六年以來的最大危機。
馬認定王故意讓學生繼續佔領立法院，藉機擴大各界反馬鬥爭，以便亂中取利。此外，兩岸服貿協議從2013年6月21日簽署，至今已經9個多月，王始終以各種藉口拖延國會審查，也讓馬氣憤莫名。他同時想起2月18日連戰向陳德銘暗示已經搞定王金平的服貿承諾，越想越感到自己被連王兩人戲耍。
馬改變北市初選規則，報復防堵連勝文
王放任學生佔領立法院讓馬難堪，陷入空前危機的馬英九，痛定思痛決定要堅壁清野，要更強勢介入攸關後馬時代的雙北市長佈局。
馬金兩人聯手的第一個報復動作，就是翻轉台北市長的初選規則，全力防堵連勝文出線。國民黨台北市長初選提名，早在3月17日就進行領表，但北市黨部卻遲不公佈初選規則，讓連陣營倍感憂心。結果在4月1日，北市黨部突然公佈市長初選辦法，表面上延續原本的七成民調、三成黨員投票合併計算，但民調方式卻突然改成85%政黨對比、15%黨內互比。黨部將在4月4-13日規劃6場政見說明會，13-14日進行民調，另於19日進行黨員投票。
對比2006年國民黨台北市長初選辦法，民調全部採取黨內互比，這次幾乎全面接受丁守中建議，大幅改為政黨對比民調，顯然衝著連勝文而來。
根據3月5日TVBS民調，採取政黨對比，連以43比42贏過柯，丁則以42比42與柯打成平手，連在對比民調並無優勢。3月19日蘋果語音民調，甚至發現丁已經後來居上，以46.5比36.1贏過柯，反觀連則以36.2比45.7敗給柯。最近兩周，儘管因為太陽花學運導致台北市長新聞暫被忽略，但丁的廣告攻勢始終毫無間斷，更顯示挺丁力量不可小覷。
事實上，早在完成台北市長初選登記之後，3月25日，連戰也感受到反連力量來勢洶洶，特別透過辦公室主任丁遠超批評丁守中「為了選舉，友情、師生之情都可以不顧」，但丁的攻勢仍然持續不斷。
連勝文不但在對比民調缺乏優勢，在黨員投票部分恐怕也瞠乎其後。畢竟丁當過北市黨部主委，早在1990年即當選北市立委至今，從政長達24年，對國民黨北市基層非常嫻熟。以2006年台北市長初選為例，儘管郝龍斌最後勝出，但丁在黨員投票部分，仍以10,730票（62.6%）勝過郝6,412票（37.4%），堪稱遙遙領先。
國民黨北市黨員，以國軍退除役人員組成的黃復興黨部為主，由於2010年北市議員初選改為全民調，參選人不再招募入黨，黃復興黨部所屬黨員的比例激增，恐怕高達三分之二以上。長期以來，黃復興黨部幾乎都服從黨中央指揮，堪稱國民黨主席所能掌控的黨員鐵衛隊。3月19日，黃復興出身的北市議員秦慧珠，宣佈棄選市長轉向支持丁，即已透露出黃復興黨部的投票意向，丁守中在黨員投票部分，可望大幅領先連勝文。
相形之下，連只在黨內互比民調贏過丁，但只佔七成民調的15%，換算之後只有總成績的10.5%，反觀丁可望在三成黨員投票贏過連。假設丁連兩人在政黨對比民調打平，丁在黨員部分仍像2006年以6比4贏過連，連就必須在互比民調以8比2贏過丁，才能打成平手。但據了解，目前連在互比民調上，最好表現也只能以6比4贏過丁，除非連在非黃復興黨員部分大有斬獲，或是在最後一周衝刺能大幅拉高民調，否則連要脫穎而出，恐怕難上加難。
太陽花衝擊國民黨選情，朱轉趨保守接受連任
另就新北市長部分，原本因為民進黨提名游錫堃參選，由於民調始終低迷，國民黨即使推出二軍候友宜或周錫瑋對決游，也很有機會勝選，導致人氣最旺的朱立倫一度想放棄連任，直攻2016年總統大位。但在太陽花學運衝擊之後，年輕選民全面反彈，兩年後的總統大選已經變得更不可測，朱不得不轉趨謹慎，寧可穩扎穩打，先確保新北市長連任，再從長計議2016年佈局。
朱決定接受連任，也符合馬「穩定壓倒一切」思維。畢竟在馬陷入風雨飄搖之際，穩住新北市執政，可說是避免2014年選舉重挫的必要安排。另就權力鞏固來說，朱繼續競選連任，也可把朱綁在新北市，以免朱利用七合一選舉大搞「全國走透透」，迅速累積出凌駕馬的接班實力。
相對於連勝文，朱願意與馬合作，還有個人因素。馬、金、朱三人素有交情，朱為人圓融低調，並不像連鋒芒畢露，數度公開挑戰馬的領導權威。而且在馬最困難的關鍵時刻，朱選擇連任保馬，也能爭取馬的進一步信任，有助於2015年5-6月國民黨總統初選提名時，消弭馬對朱的疑慮。