此外，相關人士指出，民間版本規定，相關協商人員若在談判時損害中華民國主權，要以外患罪論處7年以上有期徒刑，會引起很多爭議。
行政院大陸委員會主任委員王郁琦在陸委會記者會上表示，對民間版本有幾點不能接受，包括兩岸關係定位為「國與國關係」，不符中華民國憲政體制；民間版本取用美國快速授權制度的精神，但忽略美國憲法規定國際貿易屬國會權限，且只抄前半段，沒抄後半段「限時討論、包裹表決」部分。
此外，民間版本要求行政部門在協商前提出協定締結計畫報告送立法院，待90天後立院同意，才能開始進行協商；若在談判期間，有超出締結報告內容，需先再回立法院，或立法院同意後，再繼續協商。
王郁琦說，民間版規定行政部門要依照立法院意見進行協商，由立法權指揮行政權談判，事後再由立法院審查，有教練兼裁判、角色混淆問題，可能引起憲政爭議。同時，民間版本要求協商前等90天、協商完成後要180天才能簽署，加上談判時間，兩岸協議將沒辦法簽成。
他指出，民間版提到目前所有生效協議都必須經過立法院重新議決，沒有議決就無效，若照規定，現有兩岸循共同打擊犯罪與司法互助協議抓獲的「通緝犯都要再送回大陸？直航也要暫停？ECFA（兩岸經濟合作協議架構）早收清單關稅已降到零的產業都要回復過去關稅？」。
王郁琦說，民間版會衍生出許多問題，也會對兩岸關係造成嚴重影響。1030403