行政院院會上午通過台灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例草案規定，兩岸簽署協議需結合四階段溝通機制及二階段國家安全審查機制。
王郁琦在院會後記者會受訪表示，若按行政院版草案通過時，立法院還沒通過海峽兩岸服務貿易協議，按理服貿協議就要適用。
不過，他說，服貿協議已不在溝通階段，四階段溝通是指送立法院審議前，但服貿協議已送進立法院。
王郁琦表示，服貿適用行政院版草案的立法院審議階段，3個月還沒審完，可延長1次，之後根據行院版草案規定，就是已審議。
至於朝野協商決議要逐條審查、表決服貿協議，對法律影響為何？他說，這部分還要研究。
此外，草案規定的國安審查機制，王郁琦表示，過去簽署的18項協議都有考量國安，但陸委會1月主動提出希望建構更制度化的國安審查機制。
他說，這次入法後，行政機關從過去自願性遵守，變成須走國安審查機制。國安審查機制入法，對兩岸協議確保國安有時代性意義。
行政院版草案規定，簽署協議後，如果涉及修法與立法者，統籌辦理機關應於協議簽署後30日內，報請行政院核轉立法院審議；未涉及修法與立法者，統籌辦理機關應於協議簽署後30日內，報請行政院核定，並送立法院備查。
無須修法與立法的協議，送達立法院後，應提報立法院會議，但若出席立法委員認有違反、變更或牴觸法律者，或應以法律訂之，準用立法院職權行使法規定，有15人以上連署或附議，即交付有關委員會審查。但各委員會審查應於院會交付審查後3個月內完成，逾期未完成者，視為已審查，必要時得經立法院院會同意後展延，但1次為限。
協議若未獲立法院通過或審查未予備查，協議統籌辦理機關應通知對方，並視需要重啟談判。