行政院院會上午通過台灣地區與大陸地區訂定協議處理及監督條例草案規定，兩岸簽署協議需結合四階段溝通機制及二階段國安審查機制。
四階段溝通機制分別是「協商議題形成階段」、「協商議題業務溝通階段」、「協議簽署前階段」及「協議簽署後階段」等，與國安審查機制初審與複審。
王郁琦出席院會後記者會，以日前簽署的海峽兩岸氣象合作協議及海峽兩岸地震監測合作協議為例表示，決定地震監測與氣象合作列入兩岸協商議題後，陸委會將授權海峽交流基金會開始兩岸議題協商，進入「協商議題形成階段」。
準備工作到一階段後，陸委會將組跨部會小組，王郁琦表示，小組包括協議主政機關，以地震監測與氣象合作協議為例，將包括交通部、陸委會與科技部等，實質與對方談判，進入「協商議題溝通階段」。協商慢慢確定後，各階段也要向立法院及公眾說明。
他說，在兩岸間協議談得差不多，但還沒簽署前，草案規定，須先經國安審查機制，第一階段是行政院層級，組跨部會與中立學者專家初審，確定沒國安之虞後，就送往國家安全會議複審，再確認沒安全之虞，協議才能繼續往下走。
王郁琦表示，如果任一階段認為協議必須調整，主管機關就須修改。如果國安審查機制認為問題很大，就必須停止協商。
他說，後續將進入「協議簽署前階段」與「協議簽署後階段」，各階段也有國會與公眾溝通，協議簽署後也有需要進行相關程序。