20年來醫界有人提議設置兒童醫院，期間長庚醫療體系曾有唯一一家兒童醫院，但是後來因為醫院評鑑限制而摘掉招牌，現在醫界送給兒童特別有意義的禮物，衛福部醫事司長李偉強估計，4家兒童醫院可望今年內陸續掛牌開業。
李偉強說，北部地區因為人口稠密，共有台大醫院、台北馬偕醫院通過審核，將分設台大兒童醫院、馬偕兒童醫院，中部地區的2家醫院申請並分別獲准成立有中國醫藥大學附設兒童醫院、彰化基督教兒童醫院，南部和東部地區沒有醫院有意申請分設兒童醫院。
衛福部邀集專家討論認為，兒童醫院家數不宜過多，以北、中、南各1家為原則，兒童醫院的設置標準比照醫學中心，強化兒科病人重難症照護，急診、檢驗等部分醫療資源與母醫院分享，有的是獨立大樓，有的是獨立樓層與出入口。
沒有醫學中心級兒童醫院的縣市，在前衛生署長楊志良、葉金川等人的建議下，衛福部將政策鼓勵現有醫院可強化重點科別，或發展特色醫療，提高兒童醫療的健保給付，並以分級轉診的方式，互相支援。
衛福部近年陸續調高兒童醫療的健保給付，補助醫療資源不足地區24小時的兒科醫療，額外提供訓練滿1年的兒科住院醫師1年新台幣12萬元津貼。
衛福部表示，今年底前完成兒童重難症醫療網絡，初期將提供兒童癌症、兒童外科、兒童加護病房、新生兒加護病房、兒童心臟及遺傳疾病等6項醫療服務。