草案規定，協議權責主管機關應會同行政院大陸委員會及議題相關機關，以出席或辦理各項說明會、座談會、協調會或公聽會等方式，與社會大眾溝通及諮詢。
第一階段協商議題形成：廣泛蒐集輿情反映，適時說明協商議題、目標、協商規劃期程、範疇及初步協商規劃。
第二階段協商議題業務溝通：聽取各界意見，並適時說明兩岸溝通階段性成果、協商議題重點、因應方向及效益；業務溝通大致完成，經兩岸協議國安審查機制審查無危害國安之虞後，並應舉辦公聽會。
第三階段協議簽署前，說明協議重要內容、預期效益、影響及後續推動規劃。
第四階段協議簽署後階段：公布協議文本，說明協議文本內容、預期效益、配套措施及執行方案等。
草案規定，協議權責主管機關於協商議題業務溝通有相當進展時，應將協商議題提報國安審查機制。初審：由行政院指派行政院政務委員，視協商議題，邀國安局、國防部、陸委會、中央相關機關及學者專家，召開會議審查。複審：由國安會召開會議審查。