以往清明節掃墓，民眾習慣露天焚燒金紙，容易造成空氣污染，甚至導致火災。環保署和各縣市政府環保局合作，一步步轉變民俗習慣，先推「集中燒」開始，在公墓、納骨塔設點收紙錢，再統一送到焚化爐焚化。
另外，環保署也鼓勵「減少燒」，使用大面額紙錢或環保紙錢，在誠意不打折的前提下，仍能展現對祖先的心意。近年更推動「不要燒」，鼓勵民眾使用電子追思網頁、徒手祭拜、追思留言等方式祭祖。
基隆市、桃園縣、新竹縣等推出「以功代金」服務，讓民眾將購買紙錢的金額，捐獻給社福團體。例如台南市便結合7個社福團體，民眾捐贈功德金後，便能取得代替紙錢的「功德狀」，將功德「迴向」先人；新竹縣則宣傳「以米代金」，民眾購買愛心白米，祭祖後可帶回食用，或是捐給慈善團體。
人口密集區公墓，防範空氣污染的規定更為嚴格，例如台北市規定不使用小香爐，民眾統一到大香爐插香，並禁止燃燒蠟燭。相關規定可參考環保署網站。