我國對於動物用藥之核准登記及訂定殘留容許量，分別由農業委員會及衛生福利部依權責辦理，除參酌國際規範之外，另考量國內農牧漁業之需，依國人飲食習慣而訂定規範，以確保國人食用安全。
食品藥物管理署為保障消費者安全，訂定殘留容許量(Maximum Residue Limit, MRL)作為行政裁量標準。依據前端使用需求及規範，並根據藥品的動物毒理性資料、殘留試驗資料及國人飲食調查等資料，進行國人飲食所攝取殘留藥物之安全性評估及參酌國際規範後，送請該署「食品衛生安全與營養諮議會」審查，並會商農政機關。另為履行透明化義務，並依行政程序法及世界貿易組織「食品安全檢驗與動植物防疫檢疫措施協定」，辦理預告，廣徵各界意見後，訂定各類產品之動物用藥殘留標準。
農業機關及衛生機關持續監測上市前及上市後畜禽水產品之動物用藥殘留，如發現有違反動物用藥殘留標準規定者，依違反食品安全衛生管理法第15條第1項第5款規定，依同法第44條第1項第2款處新台幣6萬元以上5千萬元以下罰鍰，並由地方衛生局聯合農業機關追查供應來源及殘留原因，依法處辦，讓民眾食的安心。