立法院內政委員會等8個委員會今天召開聯席會議，審查海峽兩岸服務貿易協議。民進黨籍立委聯署提案，要求聯席會議決議，包含17日會議無效，且函復議事處審查報告無效，議事處應立即退回；待兩岸協議監督機制專法完成立法後，才能審服貿，且行政院應立即撤回服貿協議，並重啟談判。
王郁琦會後接受媒體訪問時對此回應，立法相關程序問題屬於立法院內部事務，從行政部門的角度不便置喙。兩黨召委輪流主持會議的過程中，產生不同看法，希望立法院內部能儘速釐清相關爭議。
他還說，基於憲法要求、行政部門向立法院負責的義務下，陸委會收到任何開會通知和立法院相關程序，都是配合的。
至於陸方是否知情台灣有關服貿協議引起抗議活動的發展，王郁琦回應，大陸透過新聞應該知道，但陸方並沒有就這兩天的情況和陸委會聯絡。爆發抗議活動之前，陸委會和大陸國台辦例行溝通時，陸方曾詢問服貿協議相關發展，陸委會回應，案子已送到立法院，行政院會尊重立法院程序。
被問及學生昨晚遭鎮壓是否妥當，王郁琦說，民主政治能夠形成可以運作的制度，需要許多人長期努力和呵護，但也很容易在沒有得到足夠諒解情況下被破壞。任何一個民主國家都必須要在有秩序的情況下運作。
他說，學生過去這段時間的發展，讓很多人想起青春歲月的熱情純真，因此對學生有更多諒解和理解，但是「學生到行政院占領行政院的作法，無論在任何一個民主國家，恐怕都不是大家可以諒解的行為」。
他還說，攻占立法院議場、行政院的作法，會讓台灣好不容易建立的民主機制受到傷害；就像今天來開會，因為身為一個行政官員，這是憲法上的義務，必須要來，不管大家的政治立場或想法相同與否，「畢竟這樣的憲政制度是台灣好不容易建立的制度，大家都要珍惜、不要輕易破壞他」。