反服貿的抗議民眾23日晚間闖入行政院之後，在院區內到處流竄，且打破玻璃進入中央辦公大樓及政務委員、各科室辦公室。政務委員陳希舜的辦公室被「洗劫一空」，所有桌椅都被搬出去用來防止警方攻堅，滿地碎玻璃，窗簾也散落一旁。
政院公關交際科辦公室也是重災區，內部凌亂不堪，櫃子傾倒，文件散落一地，一些擺飾藝品、瓷器都被破壞、砸毀；平日接待貴賓的接待室被充當臨時醫護區，椅墊凌亂堆置。
行政院24日一早開始清點損失、展開復原工作。剛上任不久的行政院副秘書長蕭家淇表示，他原本準備了太陽餅想分送員工和媒體記者，也被抗議民眾吃光，冰箱內的食物、礦泉水都被吃掉，地上滿是煙蒂、檳榔汁，也有員工的私人錢財不翼而飛。蕭家淇說：『(原音)那我剛上任2天，準備太陽餅要送給人家吃，結果他們都把我拿去吃掉。我們抽屜的錢也被偷了，零星1,000塊，在我們這邊吃我們的太陽餅、喝我們礦泉水、吐我們檳榔汁。』
行政院中央大樓一樓大門被抗議民眾拆下，蕭家淇表示，中央大樓是國定古蹟，修復困難，破壞的群眾日後將面臨毀損古蹟的刑責。他說：『(原音)最重要、最心疼的就是他們對古蹟的破壞令人心疼，因為古蹟不是可以隨便修復的，古蹟做任何油漆都必須古蹟主管單位同意，所以古蹟被破壞感到非常心痛，尤其行政院進來的第一道門和第二道門都被拆掉。』
行政院長江宜樺、副院長毛治國辦公室的招牌雖被拿走，但因警方死守防線，所以江宜樺和幕僚機要辦公室沒有受損。
另外，行政院電氣室也是一片凌亂，隔熱泡棉都被拆下，也傳出可能有古董被搗毀。行政院表示，整個院區的損失金額目前難以估計，完全恢復需要一段時間。