行政院大陸委員會與經濟部晚間發布聲明表示，行政部門尊重立法院相關程序；對於立法院的處理程序及結果，行政部門充分尊重。
新聞稿說，去年6月27日行政院將服貿協議函送立法院以來，經濟部、陸委會及相關部會一直充分配合國會要求，出席20場公聽會並提供各項分析及影響評估資料。
相關部會也持續主動辦理或應立委、產業界、各機關學校邀請，出席各項與服貿協議有關的說明會、座談會或公聽會。
陸委會指出，協議可能帶來的風險都有把關機制。各界關切服貿協議可能帶來國家安全、產業衝擊及勞工就業的風險，政府也持續對外說明，不論是協議本身或是現行法規，都有相關把關機制。
現行法規對陸資或大陸人士來台也都有嚴格的管控規定，包括事前審查、事後管理與處罰機制等。
陸委會表示，未來對於陸資投資案，政府將嚴格審查，有軍方投資或具有軍事目的之陸資企業，將限制投資；有獨占、寡占或壟斷性地位，具政治、社會、文化敏感性或國安疑慮，及對國內經濟發展或金融穩定有不利影響，都將禁止投資。
若服貿協議對產業及勞工產生衝擊，陸委會說，政府備有應對方案，訂有「因應貿易自由化產業調整支援方案」，針對不同對象採行振興輔導、體質調整、損害救濟等3種調整支援策略。
新聞稿表示，服貿協議不僅關係到服務業的發展，也關係到兩岸貨品貿易協議協商進展，及台灣加入區域經濟整合的進程，對未來貨品及服務的出口影響甚鉅。
新聞稿強調，政府未來仍將秉持「幫助人民做生意，提升台灣競爭力」的初衷，為產業打造良好的競爭環境，為提升民眾的福祉繼續努力。