經濟部指出，現階段若要修改兩岸服貿協議，雙方就得重新協商，過去國際上的案例是美韓FTA，因為韓國需要美國的市場，最後韓國被迫擴大開放；相對的，台灣需要大陸的市場，但協商結果會如何很難預料。
經濟部次長杜紫軍強調，協議條文中明訂實施滿3年就能修改，且若有實質負面影響，雙方也可進行磋商、積極尋求解決辦法。他說：『(原音)如果大家覺得說有些項目不適合開放，那麼它有一個條文規定說只要生效3年，你覺得不適合開放你就拿掉，可以抽回來。那有人講那3年內萬一發生重大問題怎麼辦？衝擊很大的時候，所以還有1個條文，就講說雙方如果對於執行之後，認為有重大影響，可以透過協商，所以它分別有不同的條文，已經針對可能遇到的問題有了具體規範。』
此外，過去台灣電子商務業者到大陸設點，持股須低於50%，無法取得主導權，兩岸服務貿易協議則開放台灣電子商務業者在福建設點，持股上限可達55%，取得主導地位。杜紫軍也透露，中國大陸有意開放持股上限到67%並增加其他省市，但現階段還是得先讓服貿協議過關，不然一切都不會實現。