內政部表示，基於人民團體輔導機關立場，仍希望於尊重團體自治自律的前提下，想方設法能促成雙方理性協調。就選舉結果內政部「不予核備」，業經商總來函表示將重新辦理改選，但因第8屆理事長任期結束且已完成辦理交接，不能再行使理事長職務，第9屆理事也因效力未定，無從合法召集會議，故內政部依人民團體法相關規定指定召集人召開會議，以利後續選舉相關事宜。
張平沼先生於本（103）年3月7日、10日分別提出「緊急異議書」及「緊急異議補充書」到部，內政部復於3月13日再次行文商總於3日內針對異議人所提出疑義部分具體說明，並提供有關推薦徵詢方式具有代表性之佐證資料到部憑辦。故本案應俟商總是否於3月17日下班前提供上述資料到部後，內政部再據以判準，始符法制。
內政部表示，該部所為完全「依法行政」，係依據商業團體法第27條及人民團體法第32條等相關規定辦理。再次鄭重呼籲商總相關主事者，能以全體會員權益為念，互相讓步，回到會員代表大會始能解決爭議，化解歧見，早日讓爭議和平落幕。