由台灣教授協會主辦的台北市長在野參選人電視辯論會16日下午舉行，除了4名民進黨的參選人之外，作家馮光遠也參加辯論，而台大醫師柯文哲臨時變卦並未出席。
柯文哲雖然缺席，但在辯論會中仍是焦點之一，前副總統呂秀蓮在交叉詰問中，就詢問立委姚文智提出兩階段民調，要跟不入黨的柯文哲一起比對，等於民進黨面對艱困選區就投降。姚文智則表示，由於台北市的選民結構特殊，大家應該要用與時俱進的策略，而不要只想著自己的輸贏。姚文智：『(原音)台北市恐怕有第三勢力要成立，恐怕有公民社會非常活耀，恐怕在台北市特殊媒體政治情況下，我們應該用非常包容、整合、與時俱進的策略。我認為最大的目標，上次我說過，不要只想著自己贏，恐怕要先想怎樣讓國民黨輸。』
另外，律師顧立雄在結論時也批評，有人缺席辯論又沒有中心價值，不可能會讓人感動。顧立雄：『(原音)他在辯論時缺席，他在多元成家議題說要投廢票，在涉及轉型正義的228說最好把它忘掉；這樣一個既不民主也不進步又不本土的人，不可能會是個堅持理想，讓人感動的選擇，民進黨如果隨之起舞，我認為就是民進黨的墮落。』
柯文哲沒參加辯論而是到宜蘭參訪，他表示原先排定的行程很難更改，也認為辯論應該砲口對外，自已陣營先互打很奇怪。不過其他幾名參選人都希望有機會柯文哲還是應該參加辯論比較好。