台北市有迪化及內湖兩座污水處理廠，每天淨化65萬立方公尺的污水，再就近注入淡水河和基隆河，改善河川水質及維護水域生態。衛工處說，這兩座污水處理廠都是利用微生物吸附或吸收污水中的有機污染物，分解後轉化為水及二氧化碳，達到水質淨化的效果。
衛工處設計科長李光軒說，微生物是淨化水質的主角，兩座污水處理廠的曝氣池採「活性污泥法」淨化污水，工作人員每天都會採集活性污泥樣本，利用顯微鏡觀察其中微生物的生物相。
李光軒說，生物相主要包括纖毛蟲、鞭毛蟲、鐘形蟲及輪蟲等微生物。如果活性污泥中是以纖毛蟲為優勢菌種，代表淨化水質的功能趨近最佳狀態，可有效除污；但如果是絲狀菌成為優勢菌種，表示淨化水質的效果不佳。
李光軒表示，良好的活性污泥生物處理，對於有機污染物的去除率可達90%，除污淨化效果極佳。他也指出，觀察微生物的生物相需要相當的經驗及技巧，因此也被列為國家技能檢定考試，突顯微生物觀察在污水處理上的重要性。