屬於國家二級古蹟的台南三山國王廟，疑似因為在民國87年，重建時施工不良，導致主體建築嚴重受損，但由於廟方涉及積欠國有財產署租金糾紛，使得管委會改選受阻，合法代表人也因而難產，遲遲無法向文化部請領修繕補助，經地方人士反映後，台南市民政局表示，將代為向國有財產署協商，希望解決積欠租金的爭議，讓管委會盡速完成改選。
「重建失敗，他叫蓋房子的人來整修，沒效。」
民國87年，修復完工的台南三山國王廟，每面牆就像得壁癌一樣，不斷在剝落毀損，有些窗台甚至只剩裸露的紅磚，台南市政府雖曾會商搶救方案，但因廟方管委會無法運作，使得搶救措施根本無法進行。
台南市文化局長 葉澤山：「因為它目前就是管委會一直沒有辦法產生，以至於廟方沒有一個對口，可以來進行有關古蹟，相關的修復案的提出。」
據了解 ，廟方長年來將廟埕，租給民間擺攤營生，但廟埕產權又屬國有財產署，因而衍生積欠租金的糾紛，導致管委會無法改選，為了化解爭議，台南市民政局將代為向國有財產署協商，希望能以分期攤還的方式，讓新的管委會順利產生。
台南市民政局長 陳宗彥：「那這個部分，我們看是不是可以透過跟國有財產局協商的部分，來協助廟方，有沒有一個尋求解決之道。」
此外台南市文化局也已將廟方現況，通報文化部文資局，近日內將組專案小組會勘，希望從文資法範疇尋求解決辦法。