江院長指出，財政部採行相關配套措施，包括調高薪資及身心障礙特別扣除額各2萬元等，以減輕其租稅負擔。本方案符合租稅公平原則，並可改善國家財政狀況，應可獲得社會大眾支持。請財政部積極協調立法院朝野黨團，儘速完成修法程序，並向社會各界廣泛說明。
該草案修正要點如下:
一、 將現行兩稅合一完全設算扣抵制度修正為部分設算扣抵制度：調整我國境內居住個人股東(社員)獲配股利(盈餘)淨額之可扣抵稅額為原可扣抵稅額之半數；另為衡平租稅負擔，規定非我國境內居住股東(社員)獲配之股利(盈餘)淨額中已加徵10％營利事業所得稅部分之稅額，僅得以其半數抵繳該股利(盈餘)淨額之應扣繳稅額。(修正條文第66條之4、第66條之6及第73條之2)
二、 為衡平獨資、合夥組織與公司組織在部分設算扣抵制度下之租稅負擔，爰規定獨資、合夥組織營利事業辦理結算、決算及清算申報時，應以全年應納稅額之半數減除尚未抵繳之扣繳稅額為其應繳納之稅額；小規模營利事業則無須辦理結算申報，其營利事業所得額依規定課徵綜合所得稅。(修正條文第14條、第71條、第75條、第79條、第108條及第110條)
三、 將現行綜合所得稅課稅級距由五級調整為六級：除配合物價指數調整前5項課稅級距金額外，並增加綜合所得淨額超過1,000 萬元以上部分，適用45%稅率規定，適度提高高所得者對社會之回饋，以達量能課稅及適度縮小貧富差距目標。(修正條文第5條)
四、 為適度減輕薪資所得者及中低所得者租稅負擔，爰將兩稅合一制度改革所增加之稅收，部分用以提高薪資所得特別扣除額及身心障礙特別扣除額額度各2萬元(現行前揭兩項扣除額為每人每年10萬元，按物價指數調整後每人每年扣除108,000元，修法提高扣除額2萬元後每人每年扣除額為128,000元)。(修正條文第17條)
五、 本次修正第66條之4、第66條之6及第73條之2涉及股東獲配股利或盈餘之可扣抵稅額之計算，係屬盈餘分配事項，爰明定自104年1月1日施行，其餘條文涉及個人綜合所得稅及獨資或合夥組織營利事業所得稅之計算，爰明定自104年度施行。(修正條文第126條)