中部科學園區三期、美麗灣度假村、淡北平面道路等多個環評爭議案件，近年都在環評大會做出有條件通過的決議後，遭到最高行政法院撤銷原環評結論，最高行政法院認為，這些爭議開發案規避了更嚴格的二階環評審查。
為了回應最高行政法院的判決，前任環保署長沈世宏曾經呼籲開發單位，應該事先了解民意，如果認為具有高度爭議，可以自行提出進入二階環評的要求。
環保署綜計處處長葉俊宏12日表示，目前計畫修改環評法的施行細則，除了現行由環評委員審查決定進入二階環評外，增加「表列」與「自願進入」兩種途徑。他說：『(原音)目前修正的方向就是進二階的會包括3種管道，第一個是附表，以附表的方式界定開發的類別、規模達到什麼樣就要進入二階；第二個是自願進入二階，比如在公民參與過程民眾有質疑，開發單位可以採取自願進入的方式；第三種就是維持現在由環境影響評估審查委員會專業審查判斷後進入二階，這三種管道。』
環保署12日也舉行環評大會，其中，澎湖縣政府遷建澎防部的開發案就自願進入二階環評，澎湖建設處城鄉發展科科長陳晶卉表示，這起開發案土地部份位在水質水源保護區，環保團體相當關心，直接進入二階，可以縮短開發案的期程。這也成為環評制度有史以來，直接進入二階的首例。