無論是遭軍機擊落、被恐怖份子炸毀，還是被小精靈劫機，失聯的馬航一天未被尋獲，各種有關該班機究竟發生何事的陰謀論，看似就不會停歇。有人在中國新浪微博上猜測馬航會不會是被隕石擊中，另有人說該班機並未墜毀，而是基於政治理由被某國綁架淪為人質了。一名巫師言之鑿鑿告訴馬來西亞新海峽時報，這架馬航被小精靈綁架了，目前卡在半空中動彈不得。
除了兩本失竊護照遭人冒用所引發的恐怖攻擊（陰謀論一）疑慮，以及被視為可能性較大的空中解體或爆炸（陰謀論二），還有以下幾項看似異想天開的推測馬航失聯原因：
陰謀論三，困越南叢林或水域。有一派陰謀論者認為，馬航客機上的乘客與機組人員可能是被劫機犯控制在某座廢棄機場。這點可以從部分乘客家屬能打通機上親人手機、但手機隨即被掛斷得到佐證。
陰謀論四，外星人攻擊、好萊塢宣傳花招或美軍攻擊。有些人堅信客機遭外星人綁架的老梗，另有些人怪罪是美軍攻擊；還有些人異想天開地指出，這一切都是好萊塢為了要翻拍知名電視影集「LOST檔案」而搞出來的噱頭。該影集劇情正是描述某失事客機墜毀於南太平洋某神祕小島後，倖存者在神祕小島上的各種遭遇。