另外，在航空保安部分，內政部警政署航空警察局也特別針對飛往中國大陸的班機，尤其是北京航線，加強託運行李安檢、提高複檢率、嚴格執行班機清艙作業。航警亦將加強各管制崗哨人車、物品進出檢查，並編排特殊任務警力，加強航廈巡檢，查核可疑旅客的身分及旅行證件；另外配合全場CCTV監視錄影及保全人員24小時作業，全面提高警覺，加強可疑份子的監控及通報。
至於證照查驗部分，內政部入出國及移民署已與美國反恐資料庫連線，對於可疑份子將提高安全層級、從嚴列管，未釐清身分前禁止其入境。航空公司也將加強與移民署配合，遇可疑份子未經移民署確認前不發給登機證。證照查驗人員已於近期加強各級證照辨識訓練，提升人員辨識偽(變)造證件能力，全面落實證照查驗作業。
民航局指出，為了保障旅客的生命財產安全，上述加強安檢、證照查驗作為可能增加旅客少許通關時間，請搭機旅客提早至機場辦理報到通關手續，並請旅客多加諒解、支持為了飛航安全所造成的不便。