國防部在洪仲丘案發生後研擬13項改革措施，包括軍審法修法後，平時軍人犯罪全面移交一般司法審裡；並將「陸海空軍懲罰法」研修送審，擬將禁閉室統一調整為悔過室。禁閉制度檢討，也首度納入2013年的國防報告書。
洪案後國軍禁閉室一度暫停運作，國防部參考歐美等國制度，針對禁閉(悔過)室制度與管理精進，就送訓作業流程、管理人員素質、課程合理化、硬體設施改善、專責管理編組及督導機制等面向進行很多改善，盼杜絕不合時宜作為。
環境方面，首先改善硬體設備，讓原本不適合人居住的陰暗角落，加裝通風、燈光設備，比照一般寢室，做了人性化調整。
軍方指出，悔過室「三八制」依據「國軍內部管理工作教範」規定，每日生活作息包括8小時操課、8小時各類活動、8小時睡眠，納入合理的體能訓練，不過，悔過室課程強調心靈改造，讓犯錯的人知道錯在哪。
國防部法律事務司長周志仁曾受訪表示，現在軍中已經沒有「禁閉」這個名詞，只剩「悔過」，國防部加緊修正陸海空軍懲罰法，未來「悔過」的形態會不同，不會再有拘束人身自由的情形，這是最基本的立法意旨。
外界質疑悔過室制度恐「因噎廢食、因循苟且、比站衛兵涼」；軍方強調，悔過人員在悔過期間不能休假，也不能補假，行動受限，與志願役士官兵可申請外散宿相比，「足已產生嚇阻作用」。
為保障軍中人權，實施「悔過」前，軍方仍維持現行「應召開懲罰評議會議」及「應給予行為人陳述申辯機會」程序；「悔過」懲罰令發布後，也提供被懲罰人完備的申訴與救濟管道，包括依法提起訴願、行政訴訟；悔過施訓期間，得準用提審法即時司法救濟管道，審慎保障人身自由。
訴願和行政訴訟期間，不停止原處分執行；而經訴願或行政訴訟撤銷悔過，會追究原單位的責任，當事人依法可申請國賠。