eTag正式全面上路以來爭議不斷，其中包括非約定用戶至便利商店補繳通行費，會被收取5元的手續費，由於立法院決議用路人通行欠費，於通路繳費手續費應由遠通公司負擔，高公局已要求遠通電收負擔超商5元手續費，最快可望在3月底實施，另自4月起，最低儲值金額將由400元降至100元。
根據統計，目前ETC的平均利用率已達94%，全國近570多萬用路人使用電子收費。為呼應不常使用國道的用路人希望調降儲值金額的最低限制，遠通電收今(6)日表示，4月1日起，全台7-ELEVEN、全家、萊爾富、OK四大超商及遠傳門市共超過1萬個據點，同步將eTag最低儲值金由現有400元降至100元。
至於用路人於通路補繳通行費，所負擔的5元手續費是否應由遠通電收吸收，由於遠通電收已於全台遠通服務中心提供免收手續費補繳服務，因此目前並未獲得遠通電收正面回應。
遠通電收強調，以2月份通行費補繳為例，用路人給付超商約4百多萬元的補繳手續費，由於非eTag用戶採通行後事後繳費，一般事後繳費的呆帳比例約為5%，而依據過去預付制的高速公路計次收費經驗，超過一年未繳的通行費約占0.02%，若補繳手續費由遠通電收賠本吸收，恐增加政府呆帳的風險，還可能影響電子收費政策。
此外，用路人於超商繳納通行費，高公局已請遠通電收於3月中旬前完成系統程式修改，用路人須輸入正確車號、車主證號，才能繳費。遠通電收則是提醒，申辦eTag預先儲值，除可享有通行優惠，也不會有補繳的問題，計程元年遠通電收持續提供第一只eTag免費申裝服務，鼓勵用路人儘早申辦。