民進黨團總召柯建銘表示，民進黨並沒有反對這法案，很多藍綠縣市對自經區也有期待，但自經區對台灣到底會帶來甚麼影響？尤其自經區牽涉到中國三八○項農產品進口、加工後以ＭＩＴ出口是否傷害台灣招牌、國際醫療是否排擠國人就醫權利等問題，這些問題需要釐清，召開公聽會與民眾進一步溝通。
國民黨政策會執行長林鴻池表示，自經區特別條例牽涉未來台灣經濟動能提升，民進黨對於一些條文內容有意見，國民黨秉持為民把關立場，同意柯建銘提出的折衷方案，於三月底前把五場公聽會辦完再進行逐條審查。
立委李應元質疑，自經區特別條例有七十三條，「由主管機關訂之」的空白授權條款就高達三十三條，超過當年九二一震災特別條例，就因為這樣，法規影響評估特別重要，國發會應先完成相關評估報告。
國發會主委管中閔承諾，雖然目前沒有規定一定要做法規影響評估，但國發會已經要求各部會在做，國發會將會在彙整各部會的資料後於一週內送立法院。