民進黨立委李應元6日在立法院經濟委員會指出，國發會2月送立法院的「自由經濟示範區租稅優惠評估報告」中，有2個段落內容與台灣經濟研究月刊2013年8月一篇專題內容完全相同，但並未註明出處，國發會評估報告涉嫌抄襲。
國發會主委管中閔了解情況後回應表示，國發會委請單位做研究報告，若參考別人的資料，就應註明出處。他並表示自己來自學術界，知道報告引用其他內容卻未特別註明來源是不合規範，他願意道歉。管中閔：『(原音)按照我自己從學術界來，這是不符合我們這樣的規範，所有的出處...上午在跟委員報告特別強調，是應該絕對要列出來，這點我們承認錯誤。(李：要不要道歉？)委員讓我講完，這個雖然我們經研處是彙整大家，當初報告中間就沒有去摘引，但既然從國發會出來，我承擔所有責任，所以我向大家道歉，這是我們不對。』
國發會的聲明稿則表示，有關報告中提到日本及韓國推動經貿特區部分涉及抄襲，是引用「台灣經濟研究月刊」及韓國自由經濟區域網站(korean free economic zone，網址http://www.fez.go.kr)的資料，並於評估報告中註明資料來源，日後會更加強資料來源的引述說明。