衛生福利部近日被媒體質疑，旗下的26家部立醫院今年預計都將虧損，卻編列高額獎勵金，而且發放沒有明確標準。被點名的醫院包括豐原醫院，預計虧損新台幣481萬元，獎勵金卻有3.6億元，是虧損金額的75倍；桃園醫院則是虧損1.1億元，獎金有4.4億元。
對此，醫管會執行長林慶豐3日出面澄清，表示部立醫院有3分之2都位在偏鄉，肩負照顧弱勢民眾的任務。不過在人事補助上，最近10年從新台幣56億刪減到剩下24億，因此獎勵金的發放，是為了留住醫療人才。林慶豐說：『(原音)這些補助是為了要提升我們的醫療品質，提升我們偏鄉弱勢族群的基本健康權的照護，讓各個部立醫院，發揮他的特色醫療。』
豐原醫院院長李明輝則表示，外界對於獎勵金可能有所誤解，因為公務預算不足，醫院編列的獎勵金其實是薪資成本的一部分。他也強調，豐原醫院過去2年實際上沒有虧損，而是預算編列方式所造成的誤解。