使用行動銀行時，民眾最擔心因帳號、密碼保管不當，而產生被盜用的風險，造成個人財產損失；台新銀行客群行銷處副總經理劉樹芬表示，早在智慧型手機普及初期，就開發了行動銀行APP，台新銀行動銀行使用人數早已突破20萬人，在民眾心目中，「好用」與「安全」是選擇行動銀行APP的兩大重點。
由於行動銀行涉及個人帳務交易，安全是首要環節；劉樹芬表示，台新行動銀行從系統、交易流程等各方面，設計嚴密的安全機制，以確保客戶資料安全。在資料傳輸方面，使用SSL128位元的安全加密機制，不論民眾在進行登入時輸入身分證字號、使用者代號及行動銀行密碼，或是輸入其他帳號資料，均以加密形式保護個人資料，其他人無法透過任何查詢方式或系統程式得知民眾自行設定的密碼。
在手機使用上，為避免客戶交易完成後忘記登出，造成帳戶被第3人使用的漏洞，使用者手機畫面只要一離開台新銀行動銀行APP，系統即會自動登出，確保安全。
此外，在進行非約定轉帳、基金下單等需要多重認證的交易時，台新銀採取「雙因子驗證機制」；簡單來說，使用者必須先以系統認證手機，才能進行此類交易；劉樹芬表示，這樣的設計讓使用者不需再耗時等候簡訊認證碼，即可直接完成交易，既安全又方便。
除了上述與系統相關的安全機制外，台新銀也提供警示提醒的服務，為行動銀行會員的帳戶把關，使用者可先就帳戶使用的時間、交易次數、交易金額設定安全範圍，安全範圍外的動作，就會立即觸動即時警鈴系統，系統將以簡訊或e-mail通知使用者。
舉例來說，使用者可設定早上9時到12時為登入行動銀行的時間，若在非設定時間內登入，即時警鈴系統即會發出簡訊或e-mail，提醒使用者確認帳戶情形。