內政部表示，為了透過市場機制擴大社會參與濕地保育及推廣濕地環境教育，去(102)年7月3日公布的濕地保育法在第32條設計了濕地標章制度。「許可使用濕地標章及回饋金運用管理辦法」即是依該條之規定，規範濕地標章申請許可及審查程序，回饋金之繳交、計算及運用方式，標章證書之撤銷、廢止、發給、補發、繳回、註銷及列管公告等程序。
內政部指出，本辦法施行後，不論是民眾、團體或公司行號都可以申請濕地標章的授權使用，申請人將營運淨收益的一定比例繳交回饋金，由中央主管機關繳入濕地基金專戶，供濕地保育及復育等使用。例如，之前在曾文溪口附近的虱目魚池是黑面琵鷺最喜歡覓食的區域之一，養殖漁民為了保育瀕危的黑面琵鷺犧牲轉作養殖石斑魚的利益，持續進行虱目魚養殖的漁民，可以申請濕地標章許可使用於虱目魚各種產品，民眾透過購買具有濕地標章的虱目魚或虱目魚罐頭，可以協助達到保育黑面琵鷺的目的，同時，因為出售虱目魚所得的利潤，依規定需要提撥一定比例的回饋金納入濕地基金，供作濕地保育、復育及環境教育等用途，對於濕地保育將有廣大的助益。
內政部表示，濕地保育法共須研擬10項配套辦法，除本次通過「許可使用濕地標章及回饋金運用管理辦法」外，其餘9項子法目前均在研擬中，將依各子法完成進度，陸續公布。另考量濕地保育法的施行日期，依該法第42條之規定將於今(103)年7月2日以前定之，故本次通過之管理辦法將待其他子法及濕地保育法施行細則均通過後，與濕地保育法同步施行。