民國48年政府師法美國國家科學基金會成立「國家長期發展科學委員會」，並在56年8月更名為「行政院國家科學委員會」，負有推動全國整體科技發展、支援學術研究、設置管理科學工業園區等任務。
除胡適、王世傑擔任兩任國家長期發展科學委員會主委外，吳大猷、徐賢修、張明哲、陳履安、夏漢民、郭南宏、劉兆玄、黃鎮台、翁政義、魏哲和、吳茂昆、陳建仁、李羅權、朱敬一都曾由行政院長提請總統任命擔任主委，並無固定任期。
與國科會最大不同，未來的科技部，將新設「前瞻及應用科技司」及成立「產學及園區業務司」，其組織架構的設計，在強化我國學術研究與產業發展的結合。
科技部主要任務包括規劃國家科技發展政策、政府科技預算審議、推動基礎及應用科技研究、推動重大科技研發計畫、規劃產業前瞻技術研發，以及發展科學工業園區。
竹科管理局局長顏宗明及中科管理局局長王永壯說，國科會和科技部任務不完全一樣，國科會升級為科技部後，將扮演拉進產學兩端距離的重要角色，前端科技研發成果可經由科學園區育成落實為產業，成為台灣經濟的領頭羊。
南科管理局局長陳俊偉指出，以前科學園區比較注重發展成熟的大企業，未來科技部成立後，科學園區將更重視比較前端的新興產業，強化創新與創業的連結。