馬英九總統21日出席「海洋與台灣學術研討會」致詞時指出，台灣和日本之前因為釣魚台海域的主權問題，衍生漁權糾紛，常常發生漁民被日本海上保安廳拘留、罰款的事件，但他主張擱置爭議、共同開發，台日也簽署了漁業協議，漁民魚貨量大增，就連東港、高雄的漁民也到釣魚台海域捕魚。總統也表示，「廣大興事件」後，台灣與菲律賓達成共識，確認未來海上執法不使用武力等結論；上述2個例子都說明，「東海和平倡議」建立了解決海洋紛爭的架構，東海、南海的糾紛大量減少。
馬總統也以歐洲北海的經驗為例指出，爭端各國最後共同開發資源，建立了北海布蘭特原油的品牌，原本的議題嚴重性也隨之下降，他期盼東海和南海未來可以朝北海經驗的方向邁進。馬總統說：『(原音)當問題發生的時候，如果我們能運用智慧，把爭議暫時擱置，把重心放在資源分享，就像我們說的，主權無法分割但是資源可以分享，當資源的開發促成合作，促成資源共享之後，事實上議題的嚴重性也會減少，在海洋這個領域，這類案例非常多，其實我們還可以繼續朝這個方向努力。』
外界關注政府組織改造，是否會成立海洋部？馬總統則表示，一開始確實規劃成立海洋部，但是後來阻力很大，因此決定先設立海洋事務委員會再成立海洋部。他表示，就像農委會、勞委會升格為農業部和勞動部，目前先成立海洋事務委員會，之後適時升格為海洋部。