動保團體抨擊政府放任廟宇以民俗宗教活動之名虐待動物，也呼籲民眾打電話要求仍舉辦神豬賽的廟宇停止藉宗教之名，虐待動物。
一般民眾看神豬賽時，只看到被裝飾完成的屠體。不過，動保團體公布今年大年初六 ，三峽清水祖師廟舉辦的神豬重量比賽全程影片（ http://www.east.org.tw/that_content.php?id=472），這些神豬以特製灌食器強迫灌食，等到神豬重量到五、六百台斤時，還會被「下窟」，在豬圈的上方架設木條或鐵條橫桿，限制豬隻行動，使得豬隻只能翻身、無法站立，更不可能「運動」，目的就是為了讓豬加速增肥。
動輒上千台斤的神豬，人力無法搬動，屠宰前，甚至利用堆高機吊掛搬運，神豬驚恐萬分。最後在大眾眼前被活活宰殺，屠宰前沒有先電昏，使得豬隻被刺喉放血後，還痛苦地等待血流氣盡而死，違反現行「畜牧法」及「動物保護法」人道屠宰規定。但農委會卻以宗教因素、將這些違法行為「除外」。
台灣動物社會研究會主任陳玉敏指出，過去台灣要燒大量金紙，環保意識抬頭後，為避免污染空氣、也呼籲減量，也就是說，宗教民俗應該要與時俱進。
農委會︰祭典應先申請 禁公眾場所宰殺
農委會畜牧處副處長朱慶誠表示，農委會已經在九十五年間根據畜牧法公告民俗祭典用大型豬隻如體重達兩百四十公斤以上，可以免於屠宰場屠宰，但祭典舉辦團體應於三日前向地方政府申請，經審核同意後，始得免於屠宰場屠宰，但並不表示可以在公眾場所宰殺，已責請地方政府調查是否違反動物保護法或畜牧法，並依法處理。
三峽祖師廟總務組長劉金達說，賽神豬活動非廟方所主導，廟方也不認同殺生，也曾呼籲不要虐待動物，廟方對信眾長年以來自發性的宗教性祈福習俗只能尊重，無法強制阻止，有沒有虐待動物，養神豬的信眾會評估，不合時宜的做法，自然會隨時間漸漸式微。