這一文件最初在2005年簽署。在對程序進行審批過程中，塔林單方面將已經失效的愛沙尼亞與蘇聯簽署的1920年塔爾圖和約引文列入相關法律。莫斯科將此視作愛沙尼亞未來可能對俄提出領土要求的依據，故俄羅斯撤回了在協議上的簽字。
2012年10月初，愛沙尼亞議會外國事務委員會建議政府與俄羅斯就簽訂新的邊境協議開展磋商。雙方共舉行了三輪磋商，期間雙方就陸海邊境協議內容達成共識。
歐洲理事會主席範龍佩祝賀俄羅斯與愛沙尼亞簽署了新的邊境協議。
範龍佩在Twitter微博中寫道，“我祝賀俄羅斯與愛沙尼亞今日簽署了邊境協議”。