新的戶役政系統更新後，被民主進步黨籍立委段宜康質疑，跨機關自動通報機制斷絕，戶政事務所成為「資訊孤島」。
蕭家淇說，戶役政系統還有兩部分的問題，一個是跨機關自動通報的部分，現在內政部首要工作是去改善系統的穩定性，系統穩定後，跨機關自動通報才會恢復；現在雖然可以進行跨機關通報，但必須等到非上班時間才能輸送資料，所以資訊有時間差。
另外，他也提到，目前戶役政系統還不夠穩定，今天還是有1個縣市在8時開機時，當機約半個小時，造成身分證沒有辦法印製，後來狀況已解決。內政部將持續改善，包括硬體作業系統升級以及軟體設計程式改善，都還在持續進行。
蕭家淇說，內政部在系統改善過程，也會注意資訊安全問題，戶役政的主機及雲端是設在台灣，並不會發生像外界所擔心資訊作業雲端設在大陸、導致資訊外流等資安問題。