媒體報導，華盛頓公約曾多次討論加強保育紅珊瑚議題，中國旅客來台最愛採買紅珊瑚，漁業署不但未積極保育，反而放寬珊瑚漁船執照可繼承、移轉，甚至同意新建漁船。
農委會漁業署說明，考量珊瑚漁船多為家族式經營，船主與船長通常具有血親或配偶關係，因此，修正珊瑚漁業漁船僅能繼承或配偶、直系血親間的轉移，此繼承權與一般作業漁船相同。
對遭受天災、事變等其他不可歸責於漁船主的事由致漁船沉沒、損毀而無法作業者，原船主或其繼承人得以原有漁船噸位縮減10%，建造新船繼續作業。
另5處作業漁區是台灣傳統珊瑚作業海域，管理辦法實施後，經科學調查珊瑚分布的海底山地形，及管理監控需求，這次修法採趨近平行經緯度的原則調整漁區範圍，造成部分漁區範圍有增加情事。
不過，漁業署也說，同時將每年總採捕量裁減一半，即管理辦法原僅規範每船年容許採捕量200公斤上限，依經許可的60艘珊瑚漁船計算，每年度容許採捕量上限即為12公噸，這次修正年度總容許捕獲量以 6公噸為上限。
漁業署說明，珊瑚區分為深海寶石珊瑚及淺海造礁珊瑚，目前台灣珊瑚漁船核准捕撈的深海寶石珊瑚，主要為桃紅珊瑚（Momo）、深紅珊瑚（Aka）、白珊瑚（Shiro）及粉紅珊瑚（Miss）等 4種紅珊瑚物種。
漁業署進一步說明，深海寶石珊瑚是生物資源，並非一般礦物，雖具有可再生性，但成長緩慢，且目前生態影響仍不明，自民國98年採取預警式管理，限在 5處作業水深超過100公尺的深海域作業，對淺海造礁珊瑚生態不會造成影響。
另外也進行總作業漁船數限制、總年採捕量限制、船位回報器（VMS）監控、觀察員隨船及漁撈日誌填報等嚴格管理措施。